Zu Beginn des Zweiten Zeitalters lebte Thranduil in Lindon und baute etwa 1000 Z.Z. sein Königreich im Großen Grünwald, der später als Düsterwald bekannt war, auf. Diese Festung hielt über zwei Zeitalter lang stand, trotz der großen Bedrohung im großen Grünwald. Diese unterirdischen Hallen, die auch Thranduils Hallen gennant wurden, waren, so wurde gesagt, denen von Menegroth nachempfunden, auch wenn sie weniger groß und prächtig waren. Von dort wehrte er die Angriffe der Riesenspinnen und der Orks ab, bekämpfte die Feuerdrachen des Nordens, wobei er starke Verbrennungen seiner linken Gesichtshälfte erlitt und führte sogar einen Krieg gegen die Zwerge.

Am Ende des Zweiten Zeitalters, während des Letzten Bündnisses, zog er, zusammen mit seinem Vater Oropher, im Düsterwald eine große Armee ihres Volkes zusammen, die sich mit einer kleineren Armee aus Lórien vereinigte. Gemeinsam zogen sie in die Schlacht gegen Mordor. Da sie sich aber nicht unter Gil-galads Befehlsgewalt stellen wollten, sind viele während der Schlacht auf der Dagorlad, darunter auch Thranduils Vater, gefallen. Nach dem Krieg kehrte Thranduil, mit kaum einem Drittel der Überlebenden seines Volkes, zurück zum Düsterwald